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8ª Parte: Transcriptómica, la Nueva Puerta de Conocimiento para la Nutrición en Acuicultura: Actividad Enzimática Digestiva en Larvas de Crustáceos

Resumen

 

El conocimiento del transcriptoma y su regulación es fundamental para la interpretación articulada de los diversos constituyentes moleculares que integran la red de respuesta génica de un individuo ante un evento inductor. La expresión o transcripción de los genes se ha implementado recientemente en estudios nutricionales de larvas. Las investigaciones que combinan los mecanismos reguladores de la expresión de genes con la actividad de las enzimas digestivas durante el desarrollo larval en peces son escasas y aún más en crustáceos

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En el presente documento se abordan algunos de los aspectos relevantes relacionados con el potencial de la transcriptómica en el estudio de la nutrición de larvas de crustáceos de interés comercial.

 

Palabras clave: Enzimas digestivas, Larvas crustáceos, Nutrición larvas, Transcriptómica

 

Introducción

 

El cultivo de crustáceos de importancia comercial comprende un amplio número de especies. En el mundo camarones langostas y cangrejos son cultivados mundialmente como fuente de alimento. La mayoría de estas especies producen un gran número de huevos, no obstante, la supervivencia y desarrollo exitoso de las larvas dependen de diversos factores, que representan grandes retos durante el proceso de producción. Las larvas de algunos crustáceos como los braquiópodos (Artemia), copépodos (Tigriopus) y Peneidos (Penaeus), eclosionan como nauplios, inicialmente lecitotróficas, pero en pocos días u horas se convierten en fototróficas. En contraste la mayoría de decápodos eclosionan en un estado avanzado de zoea que usualmente es zootrófica desde su nacimiento (Jones et al. 1997b). A pesar de las diferencias entre ellas, es importante que los alimentos suministrados durante estos estadios provean los nutrientes necesarios para un adecuado desarrollo, el cual finalmente deberá reflejarse en mayores tasas de supervivencia y crecimiento.

 

La morfología del tracto digestivo durante el desarrollo ontogénico de las larvas es similar en la mayoría de decápodos. El desarrollo de los órganos secretores de enzimas digestivas como el hepatopáncreas son fundamentales para definir en el tipo de alimento que puede ser suministrado (De Silva y Anderson, 1995; Jones et al. 1997b; Houlihan et al. 2001). Estudios cuantitativos de las enzimas digestivas en grupos taxonómicos relativamente cercanos han revelado diferencias relacionadas con las fuentes de alimento disponibles. Altos niveles de proteasas y pocos de Carbohidrasas son usuales en especies carnívoras y en sentido inverso para las herbívoras, mientras que los detritívoros y omnívoros se encuentran presumiblemente en una posición intermedia (Sather, 1969; Brun y Wojtowicz, 1976). Bajo este contexto, el análisis de la actividad enzimática en decápodos como langostas y cangrejos, ha demostrado ser una aproximación efectiva para entender la fisiología digestiva y determinar las características del alimento que debe ser suministrado (Hirche y Anger, 1987; Biesiot y Capuzzo, 1990; Lovett y Felder, 1990; Harms et al. 1991; Kamarudin et al. 1994; Saborowski et al. 2006; Rotllant et al. 2008; Andrés et al. 2010).

Introduccion

La expresión o transcripción de los genes se ha implementado recientemente en estudios nutricionales de larvas (Rodríguez et al. 2012). Las investigaciones que combinan los mecanismos reguladores de la expresión de genes con la actividad de las enzimas digestivas durante el desarrollo larval son escasas en peces y aún más en crustáceos. Los pocos estudios desarrollados han permitido conocer de manera preliminar el comportamiento de las principales enzimas digestivas, relacionando algunas proteasas, lipasas, amilasas y enterasas con su expresión génica en algunas especies de camarones y de cangrejos adultos; mientras que en larvas solo hay estudios en camarones de los géneros Penaeus y Litopenaeus. Dichas investigaciones han estudiado las respuestas de las enzimas durante el desarrollo larval frente a diferentes dietas (Hirche y Anger, 1987; Harms et al. 1994; Klein et al. 1998; Sellos y van Wormhoudt, 1999; Muhlia-Almazán y García-Carreño, 2003; Van Wormhoudt y Sellos, 2003, Saborowski et al. 2006; Zhao et al. 2007; Rotllant et al. 2008; Andrés et al. 2010; Rivera-Pérez et al. 2011).

 

El entendimiento del transcriptoma representa un gran potencial por descubrir en el campo de la nutrición, y al integrarse con otras ciencias moleculares como la proteómica, metabolómica y bioinformática, puede facilitar el descubrimiento de proteínas claves que regulan las rutas metabólicas importantes (Castellanos et al. 2004; Rodríguez et al. 2012), en especial en aquellas relacionadas con la nutrición de los organismos acuáticos de interés comercial.

 

Alimentación y actividad enzimática

 

La alimentación tiene efectos directos sobre la actividad enzimática digestiva, en ella se reflejan las adaptaciones a la disponibilidad y calidad del alimento suministrado. La nutrición es uno de los factores más importantes que influyen sobre las tasas de crecimiento y supervivencia (Felgenhauer et al. 1989; Le Vay et al. 2001). Algunos autores indican que con exceso de alimento, como ocurre al cultivar las larvas de crustáceos, los niveles de las enzimas digestivas se ven reducidos, ya que los requerimientos energéticos se alcanzan sin necesidad de realizar un proceso digestivo altamente eficaz, este modelo implicaría entonces que con poca disponibilidad de alimento o con baja disponibilidad de ciertos nutrientes que estén por encima del nivel de desnutrición, se presentarían altos contenidos enzimáticos. Esto podría explicar porque las larvas de herbívoros y omnívoros en peneidos como protozoeas o mysis presentan mayor contenido de proteasas en comparación con las carnívoras en carídeos u homaridos (Harris et al. 1986; Harms et al. 1991; Jones et al. 1997b).

 

El hecho de que la mayoría de células epiteliales del tracto digestivo en larvas de libre nado sean absorbentes, indican que la secreción de enzimas digestivas puede ser limitada en estos estadios tempranos. Por este motivo se presenta una relación directa entre la presencia/ausencia de alimento y su composición, con la actividad y con la concentración de enzimas digestivas. Bajo este contexto el análisis de la actividad enzimática digestiva es una herramienta que permite entender la fisiología digestiva y determinar las características nutricionales de un organismo (De Silva y Anderson, 1995; Andrés et al. 2010; Mireia et al. 2010). Los estudios de nutrición de las larvas de los crustáceos con los métodos tradicionales, indican que ésta parece depender de pocas enzimas digestivas, las cuales presentan altos niveles de actividad, en comparación con los adultos (Jones et al. 1997a, 1997b). Las larvas omnívoras presentan grandes variaciones en los niveles de proteasas, las cuales dependen de la composición del alimento suministrado. Algunas larvas de peneidos y cangrejos, reducen sus niveles de proteasas cuando son alimentadas con zooplancton altamente proteico, en comparación con aquellas que se alimentan con una dieta baja en proteínas (Jones et al. 1993; Rodríguez et al. 1994). Otras especies de peneidos incrementan sus niveles de tripsina en los estadios herbívoros de protozoeas, alcanzando un pico al acercarse la transición de mysis y declinando al volverse carnívoros (Lovett y Felder, 1990; Jones y Kamarundi, 1993).

 

Mecanismos regulatorios de la expresión de genes y la producción de enzimas en larvas de crustáceos El estudio de la biología molecular ha abierto diversos campos de investigación, como resultado se han desprendido múltiples ramas de estudio, entre ellos la transcriptómica. En las células, la información genética cifrada en el ADN y contenida en los genes se expresa a través de los mecanismos de transcripción y traducción, a partir del cual se producen moléculas de ARN mensajero (ARNm) y proteínas. El transcriptoma es el conjunto de todos los transcriptos de ARN que se pueden generar en un momento y bajo una condición fisiológica determinada a partir del genoma de un organismo, estos están involucrados en diversas funciones celulares, directamente como moléculas biológicas activas de ARN, o indirectamente a través de las proteínas que codifican los ARNm (Bolívar-Zapata, 2007; Soto & López, 2012).

Cualquier organismo marino en los estadios larvales experimenta cambios importantes a nivel celular y morfológico. Durante el periodo larval el desarrollo del tracto digestivo combina estos dos aspectos, en este proceso los mecanismos reguladores se presentan en diferentes niveles, y parecen estar genéticamente conectados, afectando los procesos de transcripción y traducción (Zambombino-Infante y Cahu, 2001; Muhlia-Almazán y García-Carreño, 2003). La cantidad de moléculas producidas de determinado ARNm depende de la función que este tenga en un proceso celular específico; así, cuando se requiere dar respuesta a una condición determinada en la cual un gen tiene una participación importante, más moléculas de este transcrito se producen; de manera similar, bajo circunstancias particulares hay genes que permanecen apagados, pero bajo la ocurrencia de un estímulo particular, se expresan y se inicia la transcripción correspondiente.

Alimentacion

Los mecanismos involucrados con el lugar, el cómo y el cuándo se genera un transcripto, son fundamentales para el entendimiento de la actividad biológica de un gen; más aún, los niveles de ARNm pueden dar una visión clara de patrones de expresión, pero además permiten realizar cuantificaciones altamente correlacionadas entre la abundancia de ARNm y la abundancia de proteínas (Lockhart & Winzeler, 2000).

 

La interpretación de la expresión génica requiere disponer de información del genoma del ADN y los ARN expresados, los cuales se han desarrollado en muy pocas especies de importancia acuícola, los más estudiados son los peces (Rodrigues et al. 2012). El control genético en la síntesis de enzimas puede conducir a: 1) Cambios en la cantidad de una enzima producida, 2) Expresión de diferentes enzimas dentro de una célula, o 3) Cambios en la abundancia relativa de enzimas que catalizan una reacción. La mayoría de los organismos sintetizan diferentes enzimas llamadas isoformas o isoenzimas que catalizan una sola reacción y son codificadas por diferentes genes (Hochachka y Somero, 1984; Resch-Sedlmeier y Sedlmeier, 1999; Forne et al. 2010).

 

En la década de los noventa se desarrollaron diferentes métodos para la detección y cuantificación de ARNm a partir de muestras biológicas como el Northern blotting, RTPCR (del Inglés Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction), microarreglos de ADNc (ADN complementario obtenido por transcriptasa inversa a partir de ARNm), los cDNA-AFLP (del inglés Amplified Fragment Lenght Polymorphism) y el análisis serial de expresión de genes SAGE (del inglés Serial Analysis of Gene Expression), entre otras técnicas. Estos procedimientos permitieron generar conocimiento en transcriptómica, al estudiar la expresión de genes bajo estímulos particulares, también fue posible determinar cambios en los patrones de expresión génica en diferentes tratamientos y conocer las cinéticas de expresión (Shalon et al. 1996; Schena et al. 1998; Ferrer et al. 2004; Meyers et al. 2004; Valdés et al. 2013). Sin embargo, estas técnicas enmascaran la detección de transcriptos de baja abundancia, por tener baja cobertura (Ward et al. 2012).

 

En estudios relacionados en larvas de peces marinos se ha descrito el desarrollo del sistema digestivo y la formación de órganos mediante histología, detallando la dinámica de las principales enzimas digestivas y la expresión de genes en diferentes tipos de tripsinas, pepsinas y quimiotripsinas (proteasas), amilasas, leucina y quitinasas (carbohidrasas) y algunas lipasas y enterasas. Los experimentos se han enfocado a etapas finales larvales o al inicio de la juvenil, para investigar la fase de destete en especies como corvina (Larimichthys crocea) mero (Labrus bergylta) , lubina (Lates calcarifer), dorada (Sparus aurata) bacalao (Gadus morhua), lenguado (Solea solea) y pez globo (Sphoeroides annulatus); en general los estudios indican que existen cambios a lo largo del desarrollo larval, los cuales ocurren como respuesta a los tipos de dietas suministradas o bien a los períodos de ayuno (Zambombino-Infante y Cahu, 2001; García-Gasca et al. 2006; Kortner et al. 2011; Parma et al. 2013; Srichanun et al. 2013; Truls-Wergeland et al. 2013; Cai et al. 2015; Mata-Sotres et al. 2016; Canada et al. 2017).

 

En crustáceos se han reportado muy pocos trabajos relacionados con el tema. Estudios con larvas de Litopenaeus schmitti bajo un solo esquema de alimentación se realizaron para determinar las variaciones en la concentración de las endopeptidasas tripsina y quimotripsina y su relación con concentraciones de ARN y ADN (Chomczynski y Sacchi, 1987; Chomczynski, 1993; Green y Sambrook, 2012), encontrando que ambos contenidos se reducen desde el huevo a protozoea III, incrementando paulatinamente hasta postlarva IV. La variación en la actividad enzimática también se relaciona con diferentes estrategias para el uso de la energía a lo largo del desarrollo larvario. La elevada actividad enzimática combinada con un incremento del ARN/ADN en los estadios de protozoea, denotan que en este periodo es necesario suministrar una dieta con alto contenido energético, que permita al organismo acumular reservas para el posterior crecimiento (Lemos et al. 2002).

Actualmente los avances en las técnicas de secuenciación del ADN, a través de tecnologías de nueva generación, NGS (del inglés Next Generation Sequencing), permiten caracterizar y analizar toda la expresión génica de una célula o tejido, aun sin ninguna información genómica previa, esto es posible a través de la implementación de la secuenciación de ADNc, o más recientemente de la secuenciación directa de ARN, tecnología conocida como RNA-seq, la cual cuenta con plataformas abiertas dirigidas a secuenciaciones directas de bibliotecas de ácidos nucleicos con un alto rendimiento. Las plataformas más usadas actualmente son de la compañía Illumina siendo la maquina HiSeq la preferida por su rendimiento y costos. Estas herramientas han cambiado la forma de analizar y comprender los transcriptomas. La información generada, una vez integrada e interpretada permite vislumbrar procesos biológicos y mecanismos de co-expresión. Independientemente de la plataforma escogida para la secuenciación los procesos comparten varias etapas comunes (Wang et al. 2009; Garber et al. 2011; Sánchez-Pla et al. 2012; Soto y López, 2012; Ward et al. 2012; Valdés et al. 2013; Capobianco, 2014) entre las que destacan:

  1. Preparación de las bibliotecas que involucran la fragmentación de las moléculas de ARN, síntesis de ADNc y ligamiento de adaptadores específicos a ambos extremos de la cadena.

  2. Amplificación por clonación de cada molde, ya que la mayoría de sistemas de imágenes no han sido diseñados para detectar eventos fluorescentes individuales.

  3. Unión de los ADN moldes amplificados a un soporte sólido, ya sea en una celda de flujo o una cámara de reacción.

  4. Flujo continuo y sincronizado, así como lavado de reactivos para la extensión de las hebras de ADN, mientras que las señales son obtenidas por el sistema de detección.

  5. Luego de obtenida la señal, la imagen cruda de datos conseguida debe convertirse en lecturas cortas (secuencia de nucleótidos generada por los ADN modelos) por un proceso conocido en inglés como base-calling, dependiendo de la plataforma la extensión o síntesis de ADN puede obtenerse enzimáticamente por polimerización.

 

Las aplicaciones de este tipo de metodologías en el campo de los alimentos y la nutrición son relativamente nuevas, en comparación a sus aplicaciones a las ciencias básicas, y como ya se comentó las investigaciones enfocadas a la nutrición de larvas de crustáceos, son incipientes. Solo recientemente se reportó un estudio en larvas de Litopenaeus vannamei durante cinco estadios larvales: embriones, nauplios, zoeas, mysis y postlarvas aplicando la tecnología RNA-seq, secuenciando las librerías obtenidas usando Illumina HiSeqTM 2000 (Wei et al. 2014). Las lecturas de cada estadio se ensamblaron en unigenes, los cuales se obtienen mediante programas especializados que realizan el agrupamiento de secuencias relacionadas, posteriormente los unigenes obtenidos de los cinco estadios fueron unidos, analizados y mapeados con ayuda de programas bioinformáticos especializados, realizando alineamientos e identificando los genes por blast (Altschul et al. 1990; Pertea et al. 2003; Grabherr et al. 2011). El agrupamiento de genes (gene clustering), permite asociar aquellos que tienen perfiles de expresión similares, esto es útil para descubrir genes que se coregulan y que pueden participar en procesos biológicos similares, o bien posibilita la reducción en la dimensionalidad de los datos (Valdés et al. 2013).

 

Continuando con el estudio de Wei et al. (2014), entre los 66815 unigenes que se obtuvieron, 296 correspondieron a 16 tipos de enzimas digestivas diferentes, incluyendo cinco carbohidrasas, siete peptidasas y cuatro lipasas las cuales han sido descritas con anterioridad para camarones adultos o juveniles de la misma especie, así como en L. vannamei y P. monodon (Klein et al. 1998; Sellos y van Wormhoudt, 1999; Le Chevalier et al. 2000; Muhlia-Almazán et al. 2003; Van Wormhoudt y Sellos, 2003; Zhao et al. 2007; Huang et al. 2010; Proespraiwong et al. 2010; Rivera-Pérez et al. 2011).

 

Con este tipo de estudios se elucidan los caminos metabólicos relacionados con la ingestión y absorción del alimento, pudiendo clasificar cientos de genes dentro de estas vías, no solo las enzimas digestivas. Esto es posible mediante un proceso de mapeo de genes con las bases disponibles en la web, conocido como Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes - KEGG (Tabla 1).

 

Una forma clara de visualizar los patrones de actividad de las enzimas digestivas (α-amilasa, es a través mapas térmicos, en los cuales se observa como los unigenes expresados incrementan gradualmente a lo largo del desarrollo larval. Wei et al. (2014) muestran en su

estudio un ejemplo del potencial de éstas herramientas. Este tipo de estudios pueden revelar la diversidad y la dinámica de las enzimas digestivas durante el desarrollo larval, además proveen un soporte para entender mejor los cambios fisiológicos durante la transición de la dieta de acuerdo a su desarrollo.

Tabla 1. Rutas metabólicas y conteo de unigenes KEGG relacionados con la ingestión y absorción (Tomado de: Wei et al. 2014).

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El objetivo clave de la transcriptómica es preciso y consiste en caracterizar todo el transcriptoma abarcando cualquier tipo de transcripción incluyendo el ARNm y ARN no codificantes, determinar la estructura de la transcripción de genes, por ejemplo, sitios de inicio 5´y finales 3´ y variantes de empalme y la cuantificación de los niveles de expresión diferencial de cada transcripción bajo diferentes condiciones (Valdés et al. 2013).

 

Conclusión

 

Este tipo de investigaciones trazan el camino inicial hacia el entendimiento profundo de la nutrición con aplicación en el cultivo de crustáceos, usando como herramienta básica la biología molecular y la expresión de los genes ante los factores medioambientales, o ante las variaciones de las dietas.

Conclusion

Los procesos de transcripción acoplados a otras ramas moleculares como la proteómica, metabolómica y bioinformática, podrán en conjunto ayudar a entender y plantear estrategias nutricionales efectivas, las cuales contribuirán a mejorar los índices de supervivencia y de crecimiento en larvas de crustáceos de interés comercial.

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